Jezuitska skupnost je že sredi junija Marka Rupnika z dekretom izključila iz jezuitskega reda, nato pa je imel 30 dni časa za vložitev ugovora. Ta rok je zdaj potekel in odločitev o izključitvi je postala dokončna, danes piše italijanski časnik La Repubblica. Rupnik medtem ostaja duhovnik, čeprav naj bi jezuiti razmišljali tudi o tem, da bi ga razrešili duhovništva.
Po poročanju časopisa Repubblica, ki se sklicuje na avstrijsko tiskovno agencijo APA, je predstojnik jezuitov Johan Verschueren povedal, da različni razlogi, vključno s trenutnimi omejitvami predpisov za takšne primere, niso dopuščali ukrepanja v primeru spolnih zlorab, za katere je bil obtožen slovenski duhovnik Marko Ivan Rupnik. Zadeva namreč ne spada v pristojnost jezuitskega reda, ampak je pod okriljem Svetega sedeža.
Jezuiti želijo tudi pravno zamejiti svojo povezanost z mozaično delavnico Centro Aletti, ki jo je ustanovil in vodil Rupnik.
Rupnik je bil obtožen spolnih zlorab redovnic ljubljanske skupnosti Loyola, v kateri je deloval, pred tremi desetletji. Obtožbe so bile vložene predlani, vendar je pristojni cerkveni organ ugotovil, da so zastarale, in primer zaključil. Vendar pa so lani prišle v javnost nove navedbe več redovnic o sistematičnih in dolgotrajnih zlorabah.
Jezuitski red je Rupniku že pred izključitvijo prepovedal vsakršno javno umetniško dejavnost, zlasti v verskih objektih, ter vse oblike duhovniškega udejstvovanja in javno komuniciranje.
Leta 2019 je Vatikan izobčil Rupnika zaradi tega, ker je odvezal greh ženski, s katero je imel spolne odnose. Vendar pa so ta ukrep kmalu odpravili, ker je Rupnik greh priznal in se zanj pokesal.