Po zmagi Demokratske opozicije Srbije (DOS) na čelu z Đinđićevo Demokratsko stranko (DS) na volitvah decembra 2000, je 48-letni Zoran Đinđić vodenje vlade prevzel januarja 2001. Doktor filozofije, ki je študiral tudi v Nemčiji, je užival velik ugled v tujini. Obljubil je vlaganja ter korenito reformo tako države kot družbe, ki naj bi jo organizirali po zahodnem zgledu.
Začel je reforme, a se pri tem soočil z nasprotniki tako v vrstah opozicijskih strank kot tudi posameznih članic DOS. Velika ovira je bila tudi to, da so bile državne strukture, ki so tvorile Miloševićev režim, ohranjene v skoraj nespremenjeni sestavi.
Njegova vlada je sodelovala s haaškim Mednarodnim sodiščem za vojne zločine na območju nekdanje Jugoslavije in mu izročila več obtožencev, med drugim tudi bivšega predsednika Srbije Miloševića.
Po dobrih dveh letih na položaju je navezava politike in kriminala organizirala atentat nanj. Izvedli so ga pripadniki zloglasne elitne policijske specialne enote JSO, t. i. rdečih baretk, in ene od dveh najmočnejših kriminalnih združb v Beogradu, zemunskega klana.
Sredi belega dneva je Đinđića 12. marca 2003 na dvorišču sedeža vlade ustrelil ostrostrelec. Ranam je podlegel kasneje v bolnišnici. Ranjen je bil tudi njegov telesni stražar. Istega leta so pred tem propadli kar štirje poskusi atentata nanj, zadnji le nekaj tednov prej.
Za njegov umor je bil leta 2009 na 40 let zapora obsojen takratni namestnik poveljnika rdečih baretk Zvezdan Jovanović, ki je streljal na premierja. Na isto kazen je bil zaradi organizacije atentata obsojen nekdanji poveljnik rdečih baretk Milorad Ulemek Legija. Jovanović je trdil, da je umor izvedel po nalogu Legije, ki mu je dejal, da namerava Đinđić haaškemu sodišču izročiti člane rdečih baretk.
Skupno so na dolgoletne zaporne kazni obsodili 12 ljudi, od katerih so trije doslej že prestali kazen.
Na dan atentata so v Srbiji razglasili izredne razmere in sprožili operacijo Sablja, do takrat najobsežnejšo policijsko operacijo proti organiziranemu kriminalu. Prijeli in zaslišali so skoraj deset tisoč ljudi, od katerih so jih približno tisoč pridržali.
Političnega ozadja umora še do danes niso razjasnili, kot tudi ne zamenjav sodnikov in tožilcev na sojenju ter ustrahovanja in umora dveh prič.