Pahor je prvem predsedniškem mandatu prejel 300 vlog, za pomilostitev pa se je odločil le v štirih primerih. Eden od njih je bila pomilostitev lastnika Sportine Bahtijarja Bajrovića, ki je na začetku sojenja v zadevi Istrabenz priznal krivdo in dobil pogojno zaporno kazen. Takšna Pahorjeva odločitev je septembra 2015 naletela na številne očitke, odzval se je tudi pravosodni minister Goran Klemenčič, ki je Pahorju že pred odločitvijo predlagal, da naj prošnji za pomilostitev ne ugodi.
V Pahorjevem uradu so tedaj pojasnjevali, da se je predsednik tako odločil “na podlagi nedvoumnih pozitivnih mnenj” pristojnih institucij. Poleg tega pa je šlo pri tej pomilostitvi le za izbris pogojne obsodbe iz kazenske evidence.
Tarča kritik dela javnosti pa je bil Pahor tudi zaradi svoje odločitve v letu 2013, da ne ugodi prošnji za pomilostitev zdravnice Nade Cesarec, ki je bila obsojena zaradi opustitve zdravniške pomoči. Zaradi te odločitve je tedaj komisijo za pomilostitve pri predsedniku republike zapustila nekdanja varuhinja človekovih pravic Zdenka Čebašek Travnik.
Tudi Pahorjevi predhodniki so bili zaradi pomilostitev večkrat tarča očitkov. Danilo Türk, ki se je za pomilostitev odločil v 19 primerih, je denimo kar dvakrat, leta 2011 in 2012, pomilostil Vorena Pavliča, ki je bil obtožen kaznivega dejanja neupravičene proizvodnje in prometa z mamili ter poskusa kaznivega dejanja izsiljevanja. Türk je Pavliča pomilostil zaradi njegovega izredno slabega zdravstvenega stanja, a so pozneje mediji poročali, da živi povsem normalno življenje.
Prah so dvigovale tudi nekatere odločitve Janeza Drnovška, ki je sicer v svojem mandatu pomilostil 99 ljudi. Med njimi je bil leta 2006 nekdanji direktor družbe Hit Danilo Kovačič, ki je bil obsojen zaradi zlorabe položaja v zadevi Hit. Drnovšek je tedaj dejal, da je pomilostitev po svoji definiciji “akt milosti”, ki ga lahko podeli predsednik.
Za mnoge sporna je bila tudi Drnovškova pomilostitev preprodajalca mamil Ivana Tomanoviča v začetku leta 2006. Drnovšek se je tedaj zagovarjal, da je šlo za predlog tedanjega pravosodnega ministra Lovra Šturma, ki mu je le sledil. Se je pa Drnovšek zaradi tega primera odločil oblikovati komisijo za pomilostitve.
Kučan, ki je bil na čelu države dva mandata, je pomilostil 200 obsojencev. V prvem mandatu se je za pomilostitev odločil v 154 primerih, v drugem pa v 46 primerih.
Pomilostitveni postopek sicer določata zakon o pomilostitvi in navodilo o delu sodišč v zvezi s pomilostitvenim postopkom, so za STA pojasnili v uradu predsednika republike. V vsakem postopku s svojimi mnenji sodelujejo pristojno sodišče, državno tožilstvo, ministrstvo za pravosodje, in posebna komisija, ki jo imenuje predsednik republike. V večini primerov s svojim mnenjem sodelujejo še center za socialno delo, zavod za prestajanje kazni zapora in lečeči zdravnik.
V postopku s svojimi mnenji torej sodeluje več institucij in strokovnjakov, ki vsak primer temeljito preučijo in svoja mnenja tudi utemeljijo. Predsednik republike na njihova mnenja formalno ni vezan, so mu pa v veliko pomoč pri odločitvi, so še zapisali v uradu.
