Kot piše v sporočilu za javnost po današnji seji vlade, se bo v novem javnem zavodu okrepilo strokovno raziskovanje, vrednotenje in predstavljanje sodobne zgodovine, ki pretežno sovpada z začetkom procesa osamosvojitve Slovenije. Združitev obeh muzejev tudi zagotavlja transparentno in kvalitetnejše strokovno delo v korist ohranjanja ter valorizacije nacionalne dediščine, njene izobraževalne vloge in ohranjanja kolektivnega zgodovinskega spomina.

Med glavnimi razlogi za združitev obeh zavodov v sporočilu za javnost navajajo še optimizacijo strokovnega dela na področju varovanja in ohranjanja kulturne dediščine ter večje dostopnosti materialne in nesnovne kulturne dediščine s področja slovenske osamosvojitve in nastanka samostojne države Republike Slovenije.

Kot so še zapisali, združitev muzejev prinaša tudi bolj transparentno in strateško začrtano strokovno delo na področju ohranjanja dediščine in uskladitev dela med drugimi muzeji, strokovnimi društvi, izobraževalnimi in raziskovalnimi inštitucijami, ki se s to tematiko že ukvarjajo. Obenem se bodo zmanjšali stroški poslovanja, izboljšala se bo organizacija dela, prekinilo se bo tudi podvajanje oziroma prekrivanje zbiralnih politik, ki vplivajo na nastanek relevantnih zbirk muzejev.

Napoved združitve Muzeja slovenske osamosvojitve in Muzeja novejše zgodovine Slovenije v nov javni zavod je sicer pri delu javnosti in politike naletela na negativen odziv.

Ukinitvi samostojnega Muzeja slovenske osamosvojitve je nasprotovalo Združenje za vrednote slovenske osamosvojitve (ZSVO), ki je ministrico za kulturo Asto Vrečko tudi pozivalo k preklicu te odločitve oziroma vlado, da predloga ministrice ne sprejme.

Proti opustitvi Muzeja slovenske osamosvojitve se je izreklo vodstvo Slovenske konference Svetovnega slovenskega kongresa, o napovedani združitvi muzejev pa so v začetku novembra na nujni seji na zahtevo poslanske skupine SDS razpravljali tudi člani odbora DZ za kulturo. V razpravi so se opozicijski poslanci SDS in NSi zavzeli za ohranitev samostojnega Muzeja slovenske osamosvojitve.

Na drugi strani so veterani, združeni v Zvezo veteranov vojne za Slovenijo in Zveze policijskih veteranskih društev Sever, menili, da mora biti muzej osamosvojitve oddelek ali kustodiat Muzeja novejše zgodovine Slovenije.

Projekt Muzeja slovenske osamosvojitve je že pred ustanovitvijo problematiziralo več institucij in skoraj 200 posameznikov v javnem pismu, v katerem so ustanavljanje muzeja opredelili kot ideološki projekt v korist prejšnje vladajoče garniture.