V petek se je sklenila preiskava, ki jo je pri State Departmentu naročil republikanski senator iz Iowe Chuck Grassley. Ugotavljala je, ali je Clintonova na položaju državne sekretarke (2009-2013) ogrožala zaupne informacije z uporabo zasebnega strežnika elektronske pošte.
Clintonova je preiskovalcem izročila okrog 33.000 elektronskih sporočil že leta 2014 in preiskava State Departmenta ni našla dokaza o sistematični zlorabi zaupnih informacij. Odkrila pa je, da je 38 nekdanjih ali sedanjih uslužbencev State Departmenta odgovornih za 91 kršitev varnostnih protokolov, čeprav nobena pošta ni bila označena kot zaupna.
Tako preiskava State Departmenta kot FBI je sicer ugotovila, da naj bi uporaba zasebnega strežnika povečala nevarnost vdora v elektronsko pošto. Donald Trump je leta 2016 s pridom izkoriščal dejstvo, da je Clintonova uporabljala zasebni strežnik in je sejal dvom med volivce, da nekaj skriva.
Vmes je celo javno pozval Rusijo, naj najde domnevno manjkajočo elektronsko pošto Clintonove. Pomagal mu je direktor FBI James Comey, ki je najprej zaprl preiskavo, ker ni našel nobene kršitve zakona, kljub temu pa je Clintonovo javno okaral, da je bila neprevidna z zaupnimi informacijami.
Comey je nato še enkrat tik pred volitvami ponovno odprl preiskavo, v kateri so preverili prenosni računalnik pomočnice Clintonove, ki ga je uporabljala skupaj z možem, osramočenim newyorškim politikom Anthonyjem Weinerjem. Tudi ta preiskava ni odkrila ničesar, vendar pa je bila politična škoda narejena.
Trump je Comeyja po zmagi odpustil s položaja, ker direktor FBI ni hotel končati preiskave njegovega prvega svetovalca za nacionalno varnost Michaela Flynna in preiskave ruskega vpletanja v volitve 2016 na Trumpovi strani.