Kovačič se je na poročilo o izidu glasovanja pritožil, ker ocenjuje, da je to potekalo v enakih okoliščinah kot prvo glasovanje, ki ga je vrhovno sodišče razveljavilo. Okoliščine so ostale nespremenjene, celo poslabšale so se, in če je tako, je rezultat enak ali slabši, je ob vložitvi pritožbe pojasnil pobudnik referenduma.
Vrhovni sodniki se niso strinjali. Med drugim so izpostavili, da bi lahko Kovačič pritožbe, ki se nanašajo na prvo glasovanje, uveljavljal že v sporu zoper poročilo DVK novembra lani. “Tedaj je s pritožbo uspel, saj je vrhovno sodišče zaradi ugotovljenih nepravilnost referendumskega postopka razveljavilo prvo glasovanje tega zakonodajnega referenduma,” so spomnili v sodbi in dodali, da so bile posledice morebitnih nepravilnosti tako že sankcionirane.
Pobudnik referenduma se tako tudi ne more sklicevati na kršitve v zvezi s financiranjem kampanje vlade pred prvim glasovanjem.
Na Kovačičev očitek, da od DVK ni dobil na vpogled približno 5000 neveljavnih glasovnic obeh glasovanj, je sodišče ponovno izpostavilo, da je bilo prvo glasovanje razveljavljeno, vpogled v glasovnice drugega referenduma pa lahko Kovačič uveljavlja v postopku pred DVK.
Kovačičeve opazke, da gre neudeležbo volivcev na ponovljenem glasovanju pripisati nenaklonjeni medijski propagandi, so sodniki ocenili za zelo posplošene, ob tam pa so zapisali, da pritožnik ne zatrjuje kršitev pravil referendumske kampanje. V tem primeru bi lahko Kovačič posegel po drugi pravnih sredstvih, zato se vrhovno sodišče v tem sporu ne more opredeljevati.
Hkrati s pritožbo je sicer Kovačič predlagal, naj vrhovno sodišče do končne odločitve ustavnega sodišča zadrži izvajanje zakona o drugem tiru železniške proge Divača-Koper. Ta predlog so vrhovni sodniki zavrgli. Ker zoper to sodbo pritožba ni dovoljena, je odločitev pravnomočna.
DVK je poročilo o izidu glasovanja, ki ga je izpodbijal Kovačič, objavila v začetku meseca. Za zakon je glasovalo 49,94 odstotka, proti pa 50,06 odstotka volivcev. Ker pa kvorum 20-odstotne udeležbe ni bil dosežen, zakon ni bil zavrnjen. Na ponovljenem glasovanju je imelo pravico glasovati 1.711.510 volivcev, glasovalo pa jih je 257.139 oz. 15,01 odstotka vseh. Število volivcev, ki so glasovali proti, je tako predstavljalo le 7,45 odstotka vseh volivcev.
