Stroški volilnih odborov so pri referendumu o zakonu o drugem tiru znašali 1,05 milijona evrov oz. 1494 evrov manj kot pri referendumu iz leta 2015. Materialni stroški volilnih komisij so se ustavili pri 993.289 evrih in so bili 235.971 evrov višji kot na referendumu o noveli zakona o zakonski zvezi in družinskih razmerjih.
Stroški članov DVK so znašali 62.827 evrov in so bili za 16.754 evrov višji kot leta 2015. Za volilne skrinjice je bilo treba odšteti 900 evrov, medtem ko so ti stroški na referendumu leta 2015 znašali 4396 evrov.
Medtem ko je DVK leta 2015 za glasovalne naprave za invalide leta 2015 odštela 133.727 evra, tokrat stroškov iz omenjenega naslova ni bilo. Za poštne stroške in kurirske storitve je komisija odštela 710.237 evrov, kar je 55.574 evrov več kot ob predhodnem referendumu.
Za 15.253 evrov sta bila dražja tisk in distribucija, za kar je komisija tokrat namenila 228.245 evrov. Za opremo volišč s kartonskim gradivom in etiketami je komisija oštela 24.151 evrov, kar je 1350 evrov več kot leta 2015. Pisala za volilne odbore so stala 12.707 evrov, kar je 1981 evrov več kot pred tremi leti.
Stroški informacijske podpore so znašali 69.473 evra, kar je 2275 evra več kot leta 2015, za urejanje spletne strani DVK pa je bilo namenjenih 9638 evrov, kar je enako kot ob referendumu o noveli zakona o zakonski zvezi in družinskih razmerjih.
Drugi stroški, pod katere med drugim spadajo prevodi v italijanski, madžarski in znakovni jezik, medijsko središče v Cankarjevem domu ter vzpostavitev brezplačnega telefona, so znašali 36.445 evrov, kar je 8136 evrov manj kot leta 2015.